海南省人大常委会一项调查发现，人才匮乏、经费不足、监管力度不够、财政投入不足四大问题，正制约着海南省新型农村合作医疗工作的进一步发展。
设施设备落后、人才缺乏，是海南省农村医疗卫生机构的普遍状况。据初步统计，到去年底，全省有乡镇卫生院310家，工作人员7700多名，其中执业医师和执业助理医师共2029人，占总人数的26%，平均每个卫生院6.5人；注册护士1871人，占总人数的24%，平均每个卫生院6人，高中毕业以下和没有职称的占到一半。部分市县已有十多年没有安排医技专业毕业生到基层工作，断层问题十分突出。另外，多数卫生院没有药学人才，药品质量管理和用药安全没有保障。
绝大多数合管办工作经费不足。根据试点工作经验提出的意见，新农合经办管理机构（合管办）按参合人数年人均1元安排工作经费，不得从参合金中提取。但多数市县基本没有将工作经费足额列入财政预算，而是随意安排一部分，不足的从卫生事业经费中调整补充。由于经费缺乏，很多市县合管办没有电脑联网管理，没有打印机，没有工作用车下乡检查、核实住院医药费用。
由于经费不足，又没有编制，很多合管办只能聘用临时工作人员，工作责任心和管理水平均受到影响。而乡镇合管站和村委会合管组工作人员也均为兼职且没有工作经费。
违规违纪现象时有发生。调查发现，不少市县新农合定点医疗机构不同程度地存在违规违纪现象，如延长住院日期、开大处方、违规检查、违规用药、乱收费等等。新农合经办机构和管理机构由于人员不够，监管水平不高，大部分精力放在对乡镇卫生院的监管上，而对居民在辖区外的定点医疗机构和省级定点医疗机构就医医药费用情况缺乏有效监管。
多数公办医疗机构运行困难。调查发现，不少市县对乡镇卫生院的财政补贴仅够卫生院人员购买各种社会保险，工资只能靠医药收入发放。卫生院本身没有能力改善医疗条件，医技人员待遇又低，致使医疗水平越来越低。个别市县政府不仅对县级医院彻底“断奶”，还拖欠医院医保费、计免费、防“非典”费，导致医院背负沉重的债务运转。
调查指出，海南省新型农村合作医疗开展以来，取得了很大的成绩，积累了一些经验，参合居民得到了实实在在的好处，一定程度上减轻了医疗经济负担，居民满意，各界认可。但如果目前存在的问题不能有效解决，势必将会制约海南省新农合工作取得更大的发展。
